Profesor Rafał Niżankowski urodził się 7 marca 1947 roku w Cieplicach na Śląsku. W 1966 rozpoczął studia na Wydziale Lekarskim Akademii Medycznej im. Mikołaja Kopernika w Krakowie, a w 1972 roku otrzymał dyplom lekarza. Uzyskawszy specjalizację w zakresie anestezjologii oraz chorób wewnętrznych, w zaledwie dwa lata po studiach podjął się kierowania salą intensywnego nadzoru w Instytucie Onkologii w Krakowie, gdzie pracował przez kolejnych piętnaście lat, a od 1976 roku kierował także Oddziałem Intensywnej Terapii przy ul. Skawińskiej w Szpitalu Klinicznym w Krakowie.
Jednocześnie przyszły prezes PTITI prowadził badania naukowe w zespole kierowanym przez wybitnego specjalistę w zakresie chorób wewnętrznych, prof. Andrzeja Szczeklika. Zespół prowadził kliniczne eksperymenty z wziewnym podawaniem prostaglandyn i oceną ich wpływu na reaktywność oskrzeli zarówno u ludzi zdrowych, jak i u chorych na astmę oskrzelową. Po odkryciu przez prof. Ryszarda Gryglewskiego prostaglandyny I² (prostacykliny), naturalnie uwalnianej ze śródbłonka naczyniowego i silnie wpływającej na krzepnięcie w tętnicach ciekawość profesora Niżankowskiego budziły w szczególności właściwości fizjologiczne i farmakologiczne tej prostaglandyny. Gdy osiągalna stała się syntetyczna prostacyklina, zespół pracowników oddziału intensywnej terapii prowadził pod kierunkiem pana profesora pierwsze na świecie próby z jej stosowaniem u ochotników, a następnie u pacjentów ze schorzeniami naczyniowymi.
w 1980 roku na podstawie pracy doktorskiej pod tytułem Wpływ prostacykliny na agregację płytek krwi u ludzi przyszły prezes PTITI otrzymał stopień doktora nauk medycznych (decyzja Rady Wydziału Lekarskiego Akademii Medycznej im. Mikołaja Kopernika w Krakowie z dnia 13.06.1980). Kontynuacja prac badawczych w tym zakresie zaowocowała uzyskaniem kolejnego stopnia naukowego – doktora habilitowanego nauk medycznych – chorób wewnętrznych za rozprawę habilitacyjną pod tytułem Prostacyklina w leczeniu chorób tętnic obwodowych. Kliniczne badania nad prostacykliną zwróciły uwagę dużej firmy farmaceutycznej, która opracowała stabilny analog prostacykliny – epoprostanol, zarejestrowany pod nazwą Iloprost (Ilomedin), obecnie stosowany w nadciśnieniu płucnym i niedokrwieniu tętniczym. Korzystne efekty w leczeniu krytycznego niedokrwienia kończyn wzbudziły szerokie zainteresowanie.
W 1991 roku profesor Niżankowski brał udział w opracowaniu dokumentu Second European Consensus Document on Chronic Critical Leg Ischemia, został także członkiem European Working Group on Medical Angiology pod kierunkiem prof. Marii Catalano z Mediolanu. Celem tej grupy było upowszechnienie specjalizacji z angiologii w krajach europejskich. W Polsce ostatecznie udało się to dopiero w 1999 roku. Już wcześniej jednak w ramach II Katedry Chorób Wewnętrznych utworzono Zakład Angiologii, nad którym kierownictwo objął profesor Niżankowski. Prowadzone przez Niego badania dotyczyły różnych zagadnień związanych z chorobami naczyń. Pierwszym obszarem były zaburzenia hemostazy tak w układzie tętniczym jak i żylnym. Skutkowało to badaniami roli mutacji czynnika V Leiden w zdarzeniach zakrzepowo – zatorowych, znaczenia polimorfizmu glikoproteiny płytkowej dla przeciwzakrzepowego działania aspiryny, efektywności fibrynolizy u pacjentów z wcześniej wszczepionymi stentami, optymalizacji rozpoznawania zakrzepicy żył głębokich w warunkach ambulatoryjnych czy porównaniu skuteczności długotrwałego leczenia antywitaminami K i heparynami drobnocząsteczkowymi. Innym obszarem zainteresowań badacza było poszukiwanie związku pomiędzy naczyniami a mięśniem filogenetycznie wywodzącym się z warstwy środkowej naczyń, skutkujące zestawem kilku badań reaktywności naczyniowej u pacjentów z kardiomiopatią.
Za najbardziej obiecujący kierunek swoich badań profesor (z nadania prezydenta RP w 2013 roku) uważa prace nad zastosowaniem komórek macierzystych dla linii mezodermalnej / komórek progenitorowych dla endotelium, pochodzących ze szpiku, dla poprawy unaczynienia w przypadkach krytycznego niedokrwienia kończyn. Uzyskane rezultaty wskazują na potencjalne możliwości wypracowania sposobów postępowania u pacjentów, u których wyczerpano możliwości istniejących technik rewaskularyzacji pod warunkiem lepszego zrozumienia sekwencji działań dla wzbudzenia klinicznie istotnej angiogenezy / waskulogenezy.
W ramach projektu JCET (Jagiellonian Centre for Experimental Therapeutics) profesor Niżankowski zorganizował Kliniczne Labolatorium Śródbłonka, w którym prace koncentrują się w głównej mierze wokół badania funkcji endotelium naczyniowego u ludzi. Projekt ten nastawiony jest na poszukiwanie substancji o potencjalnie praktycznym oddziaływaniu na śródbłonek przy jego dysfunkcji.
Wiele swojej uwagi poświęca profesor wysiłkom na rzecz ograniczenia jednego z najczęstszych „cichych zabójców”, jakim jest zator tętnicy płucnej, powstały w następstwie braku profilaktyki zakrzepicy żył głębokich. Jako członek komitetów eksperckich brał on udział w opracowaniu Polskich wytycznych profilaktyki i leczenia żylnej choroby zakrzepowo – zatorowej (2003, 2005, 2009) oraz Konsensusu Polskiego (2009 i 2011); pisał także rozdziały podręczników z chorób wewnętrznych i dla lekarzy rodzinnych, poświęcone temu zagadnieniu; wreszcie, uczestniczył w kilku międzynarodowych, wieloośrodkowych próbach klinicznych z nowymi inhibitorami czynnika krzepnięcia Xa, takimi jak idraparynux, rivaroksaban, apiksaban. Na temat nadchodzących zmian w postępowaniu przeciwzakrzepowym napisał ponadto kilka artykułów poglądowych.
W 1991 roku wraz z Andrzejem Szubą profesor Niżankowski założył Polskie Towarzystwo Angiologiczne. Jak do tej pory, uczestniczył we wszystkich konferencjach, organizowanych przez PTA, a przez kilka lat – pełnił funkcję prezesa, następnie – wiceprezesa. Od początku powstania Acta Angiologica – pisma Towarzystwa profesor pozostaje w jego komitecie redakcyjnym.
Od 2001 roku prezes PTITI wykonuje obowiązki konsultanta wojewódzkiego w dziedzinie angiologii.
Wypromował 7 przewodów doktorskich, recenzował 4 rozprawy habilitacyjne, jako kierownik nadzorował uzyskanie specjalizacji z chorób wewnętrznych oraz z angiologii odpowiednio 7 i 16 lekarzy.
Profesor Niżankowski już od 1989 roku angażuje się w działalność w zakresie zdrowia publicznego. W tymże roku, na prośbę prof. Zofii Kuratowskiej podjął się zadania przekształcenia opieki zdrowotnej, będąc dyrektorem Departamentu Nauki Ministerstwa Zdrowia, a następnie, w latach 2004 – 2009 – podsekretarzem stanu w Ministerstwie Zdrowia. Spośród licznych inicjatyw, mających na celu poprawę funkcjonowania publicznej przestrzeni zdrowotnej, dwie wyróżniają się szczególnie: utworzenie Szkoły Zdrowia Publicznego, jednostki międzyuczelnianej, która do dziś szkoli specjalistów zajmujących się zdrowiem publicznym, oraz trwała zmiana kompetencji lekarza rejonowego w lekarza rodzinnego.
Last but not least, profesor Niżankowski zaangażował się w kwestię jakości w służbie zdrowia. W 1993 roku, z Jego inicjatywy, powstało Towarzystwo Promocji Jakości Opieki Zdrowotnej w Polsce, a już rok później – Centrum Monitorowania Jakości w Ochronie Zdrowia, jednostkę obecnie stanowiącą agendę Ministerstwa Zdrowia, która wprowadziła system akredytacji polskich szpitali. Dzięki usilnym staraniom profesora Niżankowskiego w 2005 roku założono Agencję Oceny Technologii Medycznych.
W chwili obecnej, poza wszystkimi wymienionymi powyżej dziedzinami, profesor Niżankowski uczestniczy w pracach mających na celu stworzenie Małopolskiego Ośrodka ECMO.